一般在临床中，新生儿有黄疸的原因主要包括以下几方面：
由于胆管阻塞，肝细胞排泄结合胆红素障碍或胆管受阻，胆红素不能排泄到小肠，使胆汁淤积在肝细胞或胆道内而引起新生儿黄疸，又称阻塞性黄疸。同时也可能伴肝细胞功能受损，也可有未结合胆红素的升高。常见的病因包括新生儿肝炎、先天性代谢性缺陷病、胆管阻塞。
由于肝细胞发炎或肝细胞内缺少一种酶或这种酶活力低，肝细胞摄取和结合胆红素的功能会降低，无法很好排泄胆红素，使血清未结合胆红素升高，也会引起新生儿黄疸，即生理性黄疸，常见的病因包括缺氧和感染。
体内的胆红素约80%是由衰老的红细胞被破坏所致。如果过多的红细胞的破坏及肠肝循环增加，使血清未结合胆红素升高，引起新生儿黄疸。母、子血型不合引起的溶血性黄疸就属于这一类，新生儿生后24小时内就出现黄疸，而且进展很快，皮肤呈现金黄色。常见的病因包括红细胞增多症、血管外溶血、同族免疫性溶血等。
