治疗甲亢头痛，首先需要明确头痛的原因，然后给予相应的治疗。
甲亢时，高水平的甲状腺激素会影响机体的血压，出现收缩压增高，部分患者可出现头痛的症状，对于这种情况，一方面需要服用丙硫氧嘧啶、甲巯咪唑等药物，或进行I-131放射治疗，或进行甲状腺手术等，使甲状腺激素水平恢复正常，另一方面需要监测患者的血压，避免出现脑梗死、脑出血等疾病。
甲状腺功能亢进时，多表现为心悸、手抖、多汗、睡眠差等高代谢症状，部分患者会出现失眠、睡眠质量下降、焦虑等，因为不能得到充分的休息，也会出现头痛。这种情况需要对患者进行心理疏导，缓解压力，必要时服用布洛芬、氟桂利嗪等药物缓解头痛症状。
如果患者的甲亢已经得到控制，头痛症状仍没有缓解，需要进一步完善头部CT、核磁等明确有无合并脑血管疾病，可以在医生的指导下合理用药。
