结肠炎没有最佳或最好的治疗方法，只有适合患者的治疗方法。
结肠炎的发病原因比较多，包括细菌和病毒感染引起的感染性结肠炎、缺血性结肠炎以及溃疡性结肠炎等。不同类型的结肠炎有不同的治疗方法。
病毒感染引起的结肠炎没有有效的抗病毒药物进行治疗，主要是进行补液治疗和止泄对症治疗，细菌感染引起的结肠炎可以选择敏感的抗生素进行抗感染治疗。
缺血性结肠炎患者主要是使用改善肠道微生态和改善微循环的药物治疗。
溃疡性结肠炎需要使用糖皮质激素和5-氨基水杨酸类药物及免疫抑制剂等药物进行治疗。
