慢性结肠炎能否自愈需要综合判断。该病发病原因是有一些病毒感染、细菌感染可反复刺激患者的肠道，造成炎性反应。
如果患者自身的抵抗力较强，能够通过肠道的改变，将有害的细菌、有害的病原体消灭，此情况下，慢性结肠炎可能自愈；溃疡性结肠炎或者炎症性肠病是自身免疫疾病，此类结肠炎可不断迁延，患者甚至有可能需终身服药，以维持状况。
所以慢性结肠炎能不能自愈，首先需要明确慢性结肠炎的病因。感染、病毒与一些自身免疫性疾病均可导致慢性结肠炎，患者一定要到医院进行检查与治疗，明确慢性结肠炎的病因后，方可明确其预后。
