甲状腺微粒体抗体临床主要应用于自身免疫性甲状腺疾病的辅助诊断，其增高常见于甲状腺炎，作为自身免疫性甲状腺炎常用而较为理想的标记抗体。
甲状腺微粒体抗体增高可作为各类甲状腺疾病的辅助诊断，但是不能运用于甲状腺疾病的分类与鉴别，其增高可广泛见于各类甲状腺疾病，如桥本甲状腺炎、甲亢、单纯性甲状腺肿、甲状腺肿瘤等，以诊断甲状腺炎较为常用。
其他疾病如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、恶性贫血等也可检测到该抗体增高，临床上作为辅助诊断，具体需要结合症状及其他检查综合分析运用。
