男性出现龟头流脓小便刺痛的原因考虑感染及过敏性因素。
最常见的是感染导致的龟头包皮炎及尿道炎等感染。龟头、包皮炎通常是病原菌引起的炎症反应，如细菌、真菌、淋球菌等导致的，通常需要进行药物治疗。或由于不良生活习惯，如包皮过长清洁不到位或过量使用清洁剂等，男性包皮过长会导致龟头分泌物不能彻底排除，从而堆积在包皮中形成大量的包皮垢，长时间容易滋生细菌，导致炎症的出现。过量使用清洁剂也会刺激龟头，出现流脓、小便刺痛的症状。
尿道炎通常见于淋球菌性尿道炎，淋球菌感染尿道后通常会引起小便刺痛、尿道脓性分泌物增多的症状，严重者可出现尿频、尿痛。尿道炎患者要注意避免性生活，以防传播感染，临床上通常选用头孢菌素进行治疗。
接触性过敏反应，如药物和化妆品含有的橡胶和防腐均会引起过敏性接触性皮炎，出现龟头流脓小便刺痛的症状，如果不及时治疗可能会影响到生殖健康，严重者还会导致性功能障碍，对生活造成严重影响。
