肾积水的主要原因是尿路梗阻，可分为先天性和后天性。
肾积水的先天性原因包括固有的节段功能障碍、输尿管狭窄、输尿管扭曲、异位血管压迫和输尿管过度开放。
如果肾盂和输尿管交界处有肿瘤、结石梗阻、新生物和其他组织，就会压迫并导致梗阻。如果输尿管损伤，在修复过程中会形成瘢痕组织，这也会影响输尿管的收缩功能，导致功能和重量异常。
长期慢性炎症刺激可导致输尿管瘢痕组织的形成，导致收缩功能异常和梗阻。输尿管开口过高也会导致局部张力增加和尿潴留。
节段性功能障碍是由于先天性发育不良，导致局部输尿管收缩功能丧失和梗阻。
