慢性肾炎的原因尚不明确，大约15%左右的患者既往有急性肾炎病史，但大多数慢性肾炎患者无急性肾炎病史，主要因素还是与感染，如：细菌、病毒等感染后的炎症介质因子、免疫与非免疫机制作用有关系。其原因有：
- 基本原因可能和细菌感染、病毒感染甚至原虫感染有关，如：链球菌感染、肝炎病毒感染、HIV病毒感染所致的炎症后循环或原位免疫复合物沉积或种植于肾小球后导致肾小球炎性改变。
- 免疫性疾病因素，如：系统性红斑狼疮病、风湿或类风湿性关节炎等继发的肾小球肾炎样病变。
- 非免疫机制，如：肥胖、高血压、糖尿病等基础疾病继发的肾病等。
