克罗恩病不会自愈，本病基本上是一个终生性疾病，因为它本身是易感基因引起的自身免疫性疾病，也许将来会有新的方法出现能够治愈。现在对克罗恩病的认识，要对患者进行积极的治疗，治疗后以活动期和缓解期交替存在。治疗可使急性期过渡到缓解期，并希望缓解期能无限延长。
本病一般是采取抗免疫治疗为最主要的一个手段。患者平常应注意饮食，生活起居都要有规律，如果患者缓解的很好，但又加班或者熬夜，可能就会加重病情。面临考试也会引起比较紧张的心态，同样会加重和诱发本病。在积极治疗的情况下，尽量使缓解期延长，一般经过治疗都不可能治愈。如果只是希望自我治愈，可能性基本为零。
