先天性巨结肠是可能会影响宝宝智力发育的，但是具有很大的个体差异。
先天性巨结肠一般情况下容易导致营养摄入不足以及生长发育落后的情况，而且还可能会直接损害神经系统，所以是可能会影响宝宝智力发育的，尤其是三个月内没有进行治疗的更容易发生。
有先天性巨结肠的宝宝建议尽早进行治疗，可以降低发生智力损害的概率。主要是尽早进行手术治疗，平时需要促进排便，主要是使用缓泻剂以及软化大便的药物，必要时应积极进行灌肠等处理。
先天性巨结肠如果出现智力损害，大部分是不可逆的，建议尽早回避。除此之外，还建议加强营养摄入，积极针对病因进行治疗。
