内生性软骨瘤的癌变概率需要根据单发以及多发的情况来判断，通常单发的内生性软骨瘤一般不会癌变，多发性的内生性软骨瘤通常癌变概率是在10%左右。
内生性软骨瘤属于良性肿瘤，本病可为单一病灶，也可为多发病灶。单发性内生性软骨瘤生长缓慢、体积小，可长期无症状，一般不发生癌变；而多发性内生性软骨瘤在幼儿期即有临床表现，如肢体短缩畸形，有一部分会发生癌变，其概率一般在10%左右。
多发性内生性软骨瘤患者通常会出现多处器官以及关节处，通常发生在骨盆或是肩胛骨内的软骨瘤会受到诊断的忽视未关注到疾病的发展，不能得到有效的治疗，久而久之引发恶变。
内生性软骨瘤无有效预防措施，可以通过加强体育锻炼，提高免疫力，按时体检从而改善预后。对于比较年幼的患者，需要在医生的指导建议下及时的进行治疗，同时定期复查，避免癌变的发生。
