菌群移植指粪菌移植，粪菌移植只能缓解和改善因肠道菌群失调引起的便秘症状，并不能彻底治疗便秘。
粪菌移植是将健康人粪便中的正常菌群移植到肠道菌群失调患者的肠道中，重新恢复肠道微生态平衡，促使肠道功能恢复的一种治疗方法。
肠道菌群紊乱会影响肠管壁的正常蠕动功能，继而导致不能正常排出粪便，而出现比较顽固的便秘症状，这种情况下进行粪菌移植治疗，恢复肠道正常菌群，一般来说可以有效缓解便秘的症状。
但是，引起便秘症状的原因比较复杂，除了肠道正常菌群紊乱以外，还有可能因肠管粘连、肠管狭窄、肠管内恶性肿瘤、肠管发育畸形等各种器质性疾病引起便秘的症状，或者因神经系统疾病、不良的排便习惯、长期缺乏体育运动等各种原因引起便秘，这些原因引起的便秘症状，做粪菌移植治疗并没有作用。
