当患者因肛门囊肿出现肛门局部疼痛时，可以给予药物、手术等办法治疗。
肛门囊肿多是由于肛门局部组织感染恢复后，在肛门周围形成的囊性占位；由于肛门囊肿在生长时会压迫周围组织，所以，患者会有肛门局部疼痛的症状，而且如果肛门囊肿体积越大、肛门疼痛的症状则越明显。此时可以通过以下办法来止痛治疗：
一般在术前准备、疼痛严重的时候，才考虑药物止痛治疗（比如双氯芬酸、布洛芬等等），通过使用止痛药物来缓解肛门部位的疼痛，如果囊肿周围伴有感染，还需要使用消炎药物（比如左氧氟沙星等等）来控制感染，当局部感染控制后，局部疼痛也可以缓解，具体用药谨遵医嘱；
由于肛门囊肿是通过占位效应而引起肛门局部疼痛，并且肛门囊肿一般属于良性、变化较慢，所以，可以择期进行肛门囊肿手术切除治疗，当肛门囊肿切除和恢复后，患者疼痛不适症状就会明显好转，同时，在术后还需要对伤口进行换药和口服抗生素药物，以此来减少伤口感染的几率，另外，还需要定期查体来观察肛门囊肿有没有复发。
由于肛门囊肿引起的疼痛会严重影响患者的生活质量，所以，患者平时需要通过积极治疗炎症、注意休息和避免劳累等办法，来减少肛门囊肿的发生。
