上颚疼痛吞咽疼痛需针对病因治疗，可应用抗炎药、止痛药、漱口剂、局部涂抹药物等治疗。
如果是黏膜炎症病变引起的上颚疼痛吞咽疼痛，可应用青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类抗炎药物治疗，如青霉素、阿莫西林、头孢克肟、罗红霉素等药物。
如果上颚疼痛吞咽疼痛较重，无法耐受，或合并有高热、寒战等全身不适等症状，可根据病情应用解热镇痛类药物缓解症状，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
黏膜充血、糜烂引起上颚疼痛吞咽疼痛时可应用具有消毒杀菌作用的漱口剂含漱治疗，如呋喃西林溶液等。
如果局部黏膜糜烂、溃疡较重，可以涂抹碘甘油液体，可有效缓解局部疼痛症状。也可涂抹具有修复作用的药物，如重组牛碱性成纤维细胞生长因子凝胶，以促进局部修复治疗。
进食过硬食物或过烫食物会导致黏膜损伤，继而引起上颚疼痛吞咽疼痛，所以治疗上应注意清淡饮食，可采用温凉饮食，避免辛辣刺激性食物，可有利于疾病转归。
