多种病原菌都有可能引起甲沟炎，比较常见的为金黄色葡萄球菌、链球菌、普通变形杆菌、铜绿假单胞菌，慢性甲沟炎还有可能是白色念珠菌感染引起的。另外，其他化脓性细菌也有可能引起甲沟炎。
甲沟炎是致病微生物侵入指（趾）甲周围的软组织中，引起的感染性炎症。在指甲周围软组织有轻微破损，局部屏障功能减弱或丧失的情况下，多种病原菌都有可能趁机侵入指甲周围的软组织中，引起感染性炎症，患上甲沟炎，其中比较常见的是化脓性细菌感染，除此以外还有可能是真菌。
引起甲沟炎的各种化脓性细菌中比较常见的是金黄色葡萄球菌，因为其中含有血浆凝固酶，引起的感染性炎症比较局限，相对来说不是很严重。除了金黄色葡萄球菌以外，链球菌也有可能引起甲沟炎，如果感染了溶血链性链球菌，因为其透明质酸酶的作用，导致感染的扩散速度加快，使甲沟炎的病情加重。铜绿假单胞菌、普通变形杆菌等引起的甲沟炎相对来说比较少见。白色念珠菌感染有可能引起慢性甲沟炎，主要见于免疫力比较低下的人群中。
