扁皮疣临床上称为扁平疣，根据患者的具体情况通过药物治疗、物理治疗、埋置治疗，好得比较快一点，部分患者也可以暂时观察。
可以在疣体处涂抹抗咪喹莫特乳膏等具有抗病毒功效的药物或者维A酸软膏等具有角质溶解功效的药物进行治疗。另外，5-氟尿嘧啶软膏等抗肿瘤的药物对于扁平疣也有一定的治疗效果，一般以局部外用药物治疗为主。免疫力显著低下时，可以使用胸腺肽等具有免疫调节功能的药物进行治疗。
常用的物理治疗方法包括液氮冷冻治疗和激光治疗。液氮冷冻治疗，主要利用低温作用使疣体部位的组织细胞坏死、疣体脱落，体积比较大的皮损可能需要多次治疗后才能达到预期效果。激光治疗则是利用激光产生的高温作用，使疣体坏死、脱落。
埋置治疗主要是将疣体切下后埋植在皮下，刺激免疫系统产生针对HPV病毒的特异性抗体，起到治疗扁平疣的作用。适合于治疗数量多发的扁平疣，有降低复发率的作用。
因为扁平疣有自愈的倾向，部分患者的疣体可在2-3年内自动消失，所以如果疣体对美观的影响不是很显著，建议患者可以暂时观察，等待扁平疣自行脱落。
