儿童小肠套叠很少人可以自己痊愈，大部分不会自愈。
小肠套叠年龄超过两岁以上的孩子，可能会因为肠道息肉，或者梅克尔憩室，甚至肠道肿瘤等可以诱发肠套叠发生。临床症状不典型。起病较慢，主要表现为肠梗阻不全，肠坏死的发生率相对较晚。孩子也有阵发性腹痛，只有大约40%的儿童发生肠套叠的便血，而且粪便中的血常常在套叠后几天才会出现，如果肠套叠的症状不典型，病情较轻，肠套叠时间比较短，而且套入的也不是特别死，有可能自行松解，整复，有可能自愈，这是极少的情况。
如果儿童小肠套叠相对比较紧，时间较长，一般不能自愈，如果没有及时进行手术治疗，容易出现肠穿孔以及腹膜炎、感染性休克以及失血性休克等。部分儿童可出现危及生命的情况，甚至出现死亡等。
有部分儿童小肠套叠与肠内占位性疾病有关，比如肠道息肉、肠道肿瘤等诱发肠套叠，也不能自愈。一般良性占位，进行手术等治疗以后，可以痊愈。但是恶性占位，一般容易出现肿瘤细胞扩散，导致反复肠套叠发生，即使手术治疗也不能痊愈。
儿童小肠套叠观察期间需要注意病情变化，尽早进行治疗，避免出现危及生命的情况。
