慢性肠炎分为慢性感染性肠炎和非感染性肠炎。慢性感染性肠炎积极进行抗感染治疗可以治愈，但慢性非感染性疾病很难根治。
包括阿米巴原虫感染引起的阿米巴痢疾，可以使用硝基咪唑类药物进行治疗。细菌感染引起的细菌性痢疾可以使用喹诺酮类药物或头孢菌素类药物治疗。寄生虫感染引起的肠炎使用抗寄生虫药物治疗，结核性肠炎主要使用抗结核药物治疗。如果能做到早诊断、早治疗和足疗程治疗，同时配合饮食调理，大部分患者可以得到根治。
属于一种自身免疫性疾病，发病原因与遗传因素、免疫因素、饮食等多种因素有关，一旦患病后需要终身治疗，很难根治。常见的慢性非感染性肠炎包括克罗恩病、溃疡性结肠炎等，这些疾病需要使用免疫抑制、糖皮质激素、氨基水杨酸制剂及微生态调节剂等药物治疗，病情可以得到控制，但很难彻底治好。如果发生严重的并发症，比如中毒性巨结肠、肠出血、肠穿孔、肠癌等，需要进行手术治疗。
患者出现反复发作或持续存在的腹痛、腹胀、便秘、腹泻或便秘与腹泻交替的症状，要尽早就诊，查明病因后积极治疗原发疾病，不要盲目使用药物，以免掩盖病情。
