部分子宫内膜异位，通过B超可以检查出来。尤其对于卵巢异位囊肿、腹壁子宫内膜异位症结节等是比较重要的检测方法，可以确定异位囊肿的大小、形状、位置，诊断的敏感性和特异性可以达到90%以上。
子宫内膜异位症除了B超检查外，还可以做盆腔CT、核磁共振，但因为费用比较高，不作为初选的诊断方法。有经验的妇科医生的常规妇科检查可以发现较小的子宫内膜异位病灶，如子宫后方的痛性结节，国际公认的子宫内膜异位诊断的方法是腹腔镜检查，是确诊的标准方法。
子宫内膜异位和卵巢恶性肿瘤、盆腔炎性包块以及子宫腺肌病，有很多症状比较相似，要避免混淆，需要予以鉴别。
