慢性肠炎的治疗方法根据不同的肠炎类型，治疗方法也略有不同，没有最佳治疗方法的说法。具体治疗方法如下:
如果患者是由于滥用抗生素导致肠道菌群失调引起的慢性肠炎，可以使用微生态调节剂改善肠道内环境。同时，改变不良的饮食习惯，忌食刺激性食物和辛辣食物，配合中医中药治疗，可以达到很好的治疗效果。
如果属于溃疡性结肠炎，治疗起来相对比较顽固，大部分患者需要终生服用药物进行治疗。常用的治疗药物包括氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、微生态调节剂、免疫抑制剂等，具体的用药需要在医生的指导下进行，避免滥用药物后加重病情。
