卵巢巧克力囊肿是否需要手术，要根据患者的病情以及个人需要进行。
- 如果卵巢巧克力囊肿的患者无临床症状或症状较轻，且囊肿直径小于4厘米，通常不需要给予手术治疗，可采取期待治疗，如定期复查，同时给予药物治疗，其目的主要是抑制卵巢功能、阻止病情发展、减少病灶活动、减少粘连形成。
- 如果卵巢巧克力囊肿的患者临床痛经等症状比较严重，囊肿大于4厘米，可进行腹腔镜下囊肿剔除手术，术后还要辅以GNRH及地诺孕素等药物治疗来提高疗效，降低复发几率。近期有备孕需求的患者，如果囊肿不是太大，可先试孕半年到1年，如能怀孕最好，怀孕本身对内异有治疗作用，如备孕半年到1年仍未怀孕，建议及时手术。
