引起颈动脉内膜毛糙的原因，主要是动脉硬化等。
正常情况下，动脉的内膜应该是平滑的。在这种情况下，血液内的红细胞、免疫复合物等物质不容易贴附在血管内膜上，血液才能够在人体内顺畅的流动。而当动脉硬化时，血管弹性下降，管壁内膜也会变得不光滑，脂质细胞、红细胞等血液成分就会沉降在局部，增加血管内膜的毛躁程度。因此，动脉硬化是导致颈动脉内膜毛躁的主要原因。
另外，当患者出现动脉炎等血管感染性疾病时，受局部炎性细胞的影响，血管的内膜也会变得不再光滑，从而出现内膜毛躁的现象。
