先天性心脏病可以药物治疗，但是只能改善症状、延缓疾病的进展，但是达不到治愈疾病的目的。主要是针对病情较轻，无需手术的患者采取药物治疗，或病情过重，错过手术治疗时机的患者采取药物治疗。
大多数的先天性心脏病，在发现早期进行手术治疗的情况下，会得以存活或恢复正常。但是仍有部分患者没有被及时发现，随病情的进展，出现并发症，出现多脏器功能衰竭，此时已无法手术治疗，只能依靠药物减轻心脏负荷等，来减轻病人的症状。
有些先天性心脏病的患者虽然经过手术治疗，使病情得到控制，但是仍存在心功能不全、心律失常、肺动脉高压等情况，那么仍需要采取药物治疗，改善心功能、抗心律失常、扩血管降低肺动脉高压等。
