重度阻塞性睡眠呼吸暂停手术治疗禁忌证主要是存在严重心功能不全、肝肾功能不全、高龄、存在严重感染等情况，这些情况导致机体不能耐受手术。
另外，对于肥胖者及呼吸暂停低通气指数大于20次/h者不适合手术治疗，或对于非肥胖者，但口咽部阻塞显著的重度阻塞性睡眠呼吸暂停患者来说，不适合马上手术，最好先进行CPAP（持续的气道正压通气）治疗1-2个月，使夜间呼吸暂停及低氧基本纠正的情况下，再采取手术治疗，通常采取UPPP（悬雍垂-腭-咽成形术）手术治疗。
