如果房间隔缺损较小，患儿不伴任何症状，因部分有自然闭合可能，可定期临床随访，监测心脏彩超，暂时不做特殊治疗。
如果患儿房间隔缺损较大，患儿有反复呼吸道感染，生长发育落后等症状，可根据房间隔缺损的具体情况选择手术方式。
手术方式主要分为两大类：一类是采用微创介入封堵手术进行治疗，介入治疗手术创伤小，通过股静脉穿刺，将封堵器送入心腔封堵房间隔缺损，但介入手术对房间隔缺损大小、位置有要求，术前心脏彩超检查可以帮助确定是否适合行介入治疗。
另一类是外科开胸手术，所有不适合介入手术的房间隔缺损，如缺损特别大，原发孔型房间隔缺损，或者合并其他需要开胸手术的心脏畸形者，可选择外科开胸手术，根据缺损大小直接缝合或选用补片材料修复。
