超声胃镜是诊断胃间质瘤有效的手段。三厘米的胃间质瘤只要肿瘤没有扩散，通过胃镜就能够完全切除。
只要胃的间质瘤只限于黏膜层或者黏膜下层没有穿透肌层的，都可以通过胃镜进行治疗，如果穿透肌层已经发生转移的胃镜就不能完全切除了。所以只要胃间质瘤在胃黏膜上就可以进行治疗的。主要是看手术能不能把肿瘤完全切除掉。
通过胃镜切除肿瘤并不是只有小的肿瘤才可以，比较大的肿瘤也是可以的，主要看切除以后的效果，如果发生转移了，胃镜只能做局部的切除，远处转移的是没有办法切除掉的，所以必须要通过根治术，也就是开刀手术进行治疗。
