病毒性角膜炎如出现角膜穿孔或痊愈后形成的角膜瘢痕明显影响视力者，可以进行穿透性角膜移植手术治疗，通过手术治疗可以达到根治的目的，但视力仍无法恢复到正常人水平。
病毒性角膜炎如果治疗不及时或者不规范治疗，可以导致角膜溃疡形成，严重时可引起角膜穿孔而导致失明。对于角膜穿孔的患者可行穿透性角膜移植手术，也就是用健康的角膜替换病变的角膜，从而达到治疗的目的。
病毒性角膜炎痊愈后如果形成明显的角膜瘢痕，尤其是角膜瘢痕在瞳孔中心区域也可以导致视力下降甚至失明。这种情况也可以用穿透性角膜移植手术进行治疗。
