松果体细胞瘤手术的难度，在神经外科中属于相对比较大的。
松果体位于大脑核心的位置，周围有丰富的血管以及重要结构，所以，对器械的要求、术者经验的要求均很高。
由于松果体的位置相对较深，常需要专用的深部手术器械，同时，周围的结构如脑干、大脑后动脉等，都是重要的结构，在尽量全切肿瘤的基础上，还需要充分保护这些结构。以上因素均需要考验着主刀医师的技术及心理素质。
随着医学的发展，临床上逐渐开始尝试使用经颅神经内镜治疗这类肿瘤，虽取得一定的进展，但松果体细胞瘤手术难度仍客观存在，所以，其手术难度是比较大的。
