下丘脑位于颅脑核心区域，该区域错构瘤手术属于较大的手术，风险和难度较大。
下丘脑位于脑部深部较为核心的区域，周围毗邻的结构比较重要，比如视交叉、垂体柄、垂体，手术存在一定难度和有一定风险。
对于诊断相对明确的下丘脑错构瘤的儿童，建议到比较大的神经外科中心由经验比较丰富的医生进行手术。因为在手术中存在相当的不确定性，术中可能肿瘤存在出血倾向、粘连明显等，术中的操作可能会损伤丘脑、下丘脑、垂体柄、垂体、视神经等，这些损伤都可能会造成一定程度的神经功能障碍，如视力下降、视野偏盲、顽固性的尿崩症以及垂体下丘脑的激素分泌紊乱。
综上，下丘脑错构瘤的手术难度比较大，一般应有较大的神经外科中心的经验较为丰富的医生进行手术。
