部分胃食管反流病有可能会癌变。
胃食管反流病包括非糜烂性胃食管反流病、反流性食管炎和巴雷特食管。
非糜烂性胃食管反流病病情相对比较轻微，食管黏膜没有受到明显的炎症性刺激，一般很少发生癌变。
反流性食管炎的患者食管黏膜已经出现了条索状的充血、水肿，甚至糜烂和溃疡，如果病情不能得到控制，反复的发生糜烂、增生、溃疡，鳞状上皮被柱状上皮替代，最终会发展为巴雷特食管。巴雷特食管属于食管癌的癌前病变，发生癌变的风险会明显增加，需要尽早进行抗反流治疗。
另外，长期反流的刺激导致口腔、鼻腔、咽喉和肺部的炎症，会明显增加扁桃体癌、咽喉癌、鼻窦癌、鼻咽癌和肺腺癌的概率。
