肝内胆管结石有时候会痛的。
肝内胆管结石对于一小部分病人来讲可能不会引起疼痛，尤其是比较少的边缘性胆管结石，结石较小，而且单发，未堵塞肝内胆管，肝内胆管胆汁引流通畅，就基本不会引起疼痛不适。
当肝内胆管结石数量较多，而且直径较大，特别是容易堵塞肝内胆管时，引起肝内胆汁淤积，引流不畅，无法完全排出肝脏，造成肝内胆汁淤积，容易遭细菌感染，特别是大肠杆菌通过肝胆总管进入胆汁，在培养基的条件下引起胆管炎，造成疼痛。
一部分肝内胆管结石直径大，在活动或者体位变化时撞击肝内胆管，引起疼痛。
