再生障碍性贫血的治疗有：对症支持治疗和对因治疗。
预防感染、避免出血、避免接触各类危险因子。当血红蛋白小于60g/L时，可以采取输血治疗。使用止血药控制出血，要控制细菌、病毒和真菌感染。当再生障碍性贫血伴随肝损伤时要用护肝的药物。如果多次输血，还应该进行去铁治疗。
使用抗淋巴或者抗胸腺球蛋白、环孢素等进行免疫抑制治疗；使用雄激素或者造血生长因子进行促造血治疗；40岁以下的患者，如果没有并发症，可以使用造血干细胞移植治疗。
