如果新生儿室间隔缺损比较小，一般没有明显的症状。如果缺损较大，左向右分流量大者可有气促，多汗，易罹患肺部感染，严重者可发生心力衰竭的情况。
室间隔缺损是小儿先心病中最常见的类型之一，大型室间隔缺损在婴幼儿期、甚至新生儿期即引起严重的症状。室间隔缺损引起的血流动力学改变取决于缺损的大小和肺血管床的状况。
由于左室压力超过右室，通过缺损发生左向右分流，分流的血液增加了肺循环、左房和左室的负担，缺损越大分流量越大，肺循环血流量增加显著，即可导致心力衰竭。新生儿由于肺血管仍保持胎儿期的特征，即肺小血管中层肥厚、官腔狭窄，因此肺动脉压力较高，右室压力也高，限制了左向右分流，所以患儿在哭闹或患有肺部疾病时即可因双向分流出现暂时性青紫。
