新生儿先天性室间隔缺损的轻重不一，差别比较大，分为小缺损、中等缺损及大缺损，需具体情况具体分析。
- 如果新生儿先天性室间隔缺损较小，尤其小于5mm，通常病情较轻，一般不会影响生长发育，正常喂养就可以，不需要手术治疗。
- 如果新生儿先天性室间隔缺损的位置在膜部或者肌部，有自然愈合可能性，一般也不需要在新生儿期手术。
- 如果新生儿先天性室间隔缺损中等大小或比较大，则代表病情比较严重，尤其缺损位于肺动脉瓣下，会很快出现肺动脉高压。患儿在临床中会出现喂养困难，体重增长缓慢，体格瘦小，抵抗力低下，容易反复肺部感染，心脏超声心动图会提示左心扩大明显，建议尽早进行手术治疗，通常预后较好。
