新生儿房间隔缺损的治疗措施主要有暂时观察，加强护理，避免感染，可以通过外科手术修补房间隔缺损。
- 新生儿房间隔缺损如果是小型继发孔型房间隔缺损，大部分在1岁内可以自愈，新生儿期没有任何影响，所以可以暂时观察，正常喂养，不需要特殊处理，但是需要心脏超声心动图检查随诊。
- 如果是比较大的房间隔缺损，房水平出现大量左向右分流时，右心会明显扩大，会出现心律失常、肺循环血流量增加、肺小动脉痉挛，继而会出现肺动脉高压、新生儿肺炎，哭闹后口唇青紫、喂养困难、体重增加缓慢，不建议继续随诊，可以选择外科手术修补房间隔缺损，预后较好。
