舌咽神经痛主要就诊神经外科，特别是功能神经外科和疼痛科。
舌咽神经痛是发生在舌根部、咽后壁、内耳的发作性神经痛，发生病因是舌咽神经和迷走神经根部受血管压迫，所以罹患舌咽神经痛的患者建议就诊功能神经外科和疼痛科。
首先进行头颅核磁共振检查，明确舌咽神经痛的发生是否是由于颅内占位性病变引起的，如果是颅内占位性病变引起，可在神经外科进行肿瘤切除，如果没有占位性病变，头颅核磁共振检查确定为血管压迫引起舌咽神经痛，病史较短，症状较轻的患者可以口服镇痛药物缓解疼痛，口服药物镇痛效果不佳，恐惧开颅手术的情况下，可在疼痛科进行舌咽神经阻滞或射频治疗。如果患者病史较长，疼痛剧烈，严重影响患者生活、工作，可在神经外科行舌咽神经和迷走神经减压术。
