脊索瘤不是恶性肿瘤，从组织学上说，脊索瘤是一种良性的肿瘤，但是它具有恶性肿瘤的特性。
首先脊索瘤位置非常深，也容易侵犯周围的脑组织和重要的神经血管等，并且肿瘤没有明显的包膜，呈浸润性生长，有时可以出现转移，所以这种肿瘤虽然为良性，但是治愈的希望不大，在做完手术以后绝大多数都会出现复发，治愈率非常低。
所以虽然为良性肿瘤，但是应按照恶性肿瘤处理和对待。脊索瘤的5年生存率通常不到50%，预后是比较差的。治疗方案首选手术，然后可以常规进行放射治疗。
