克罗恩病的病理表现主要表现为肠道黏膜病变、呈节段性病变、黏膜呈纵行溃疡及鹅卵石样的外观，早期可以出现鹅口疮溃疡，当病变累及到肠壁全层的时候会出现变性、肠管狭窄等，会出现溃疡穿孔引起脓肿引起肠瘘等。肠壁的纤维素渗出慢性炎症穿孔可引起肠道粘连。
肠道组织学病变的特点出现干酪样肉芽肿，多由多核巨细胞和上皮细胞组成。肠道的裂隙溃疡呈缝隙状，可以到达黏膜下层、肌肉层甚至浆膜层等。肠道的各层炎症一般会伴有淋巴细胞聚集、黏膜下层增宽、淋巴管的扩张和神经节的炎症等。
