胰腺囊肿的治疗方法取决于囊肿的性质、大小、病变程度以及患者的健康状况等，病因不同，则治疗方法也不同。
大多数情况下，单纯的胰腺囊肿不需要特殊干预，定期随访即可，需观察囊肿变化快慢。若囊肿较小且变化较慢，对患者健康状况无影响，则不需特殊处理，定期随访即可；若变化较快或者已经出现压迫症状，以及怀疑有恶变风险时，应积极行手术治疗。
对于阻塞性引起的潴留性囊肿，可行引流术，保持胰管通畅，囊肿大多可自行吸收。对于肿瘤性囊肿，应积极行手术治疗，同时药物辅助治疗等。
另外，胰腺导管内乳头状黏液肿瘤往往也有囊肿的表现，需要通过核磁做进一步鉴别。
