肠结核的诊断主要是通过有肺结核病史、腹部体检、血沉、CT及病变组织培养结核杆菌确诊。
肠结核一般有明确的肺部结核感染病史，有的患者在腹部体检时可以出现揉面感，胸部X线检查可以见到肺内有活动性结核或者陈旧性结核病灶，病变组织经细菌培养证明有结核菌的生长，是不难确诊肠结核的。
肠结核多为右下腹疼痛或者全腹疼，为钝痛或者隐痛，进食后加剧，排便后缓解，或者出现排便习惯的改变，病变肠管与周围组织黏连可以出现腹部包块。另外，有结核的中毒症状，如发热乏力、消瘦、贫血及营养不良等。
