溃疡性结肠炎的预后大部分比较理想，但是多需长期用药控制。
溃疡性结肠炎的发病原因比较复杂，很难治愈。部分患者通过合理的饮食调理、情志调节和药物治疗后症状可以得到控制，维持正常的生活状态，但是很容易复发，需要终身使用药物控制症状复发。也有一部分患者会出现严重的并发症，比如中毒性结肠扩张、肠穿孔、腹膜炎、肠癌等。
另外，由于患者长期腹泻，肠道对营养素的吸收障碍，会出现贫血、低蛋白血症、恶病质等，需要进行全身营养支持治疗，必要时需要输血。如果治疗不及时，很可能因为严重的并发症而死亡。
