飞秒近视眼手术和一般激光手术的主要区别在于手术中角膜瓣的制作方式不同。
一般激光手术是最早应用于临床的准分子激光手术，准分子激光手术主要是用刀来做角膜瓣，飞秒激光是用飞秒激光来做角膜瓣，相对而言，飞秒激光手术的创面更小、恢复更快。但是飞秒激光手术的费用比准分子激光手术价格相对较贵。
准分子激光手术的缺点是不能穿透表层的角膜组织，需要将角膜上皮去掉之后再打准分子激光。飞秒激光在一定程度上可以取代角膜板层刀的作用，能够更加精准和个性化的制作角膜瓣。
