肾囊肿和肾积水没有必然的因果关系，肾囊肿和肾积水是两类不同的疾病。
肾囊肿的病变基础是肾小囊的发育异常，造成原尿积聚成囊样扩张。这种病变通常是在发育初期就出现，并缓慢发展起来的。
而肾积水是尿路系统梗阻造成梗阻以上平面的尿路扩张积水，这种梗阻最常见于尿道和输尿管，也可见于某个肾盏。因此肾囊肿不是肾积水造成的。
但是一些肾囊肿，如果囊肿较大，位置不佳（如盂旁囊肿），恰好压迫了肾盂和输尿管，反倒可以引起肾积水，这种情况下的肾囊肿需要进一步进行治疗。
