造成手指甲分层的原因，主要是手部的真菌感染以及机体缺乏微量元素。
手部的真菌感染是临床上最常见的手指甲分层的原因，由于手部直接暴露在外界环境中，是进行劳动的主要肢体，经常接触外界环境，所以非常容易被真菌感染。
如果指甲被真菌感染，出现了手癣、甲癣时，往往会使指甲与甲下组织部分分离，中间形成空腔，从而影响指甲的生长，导致出现分层现象。
另外，由于指甲的生长，需要多种微量元素以及营养物质的参与。如果某类微量元素和营养物质缺乏，如钙等，往往会影响指甲的生长，使指甲出现分层现象。
