再生障碍性贫血一般包括原发性跟获得性再生障碍性贫血。原发性再生障碍性贫血的发病跟患者自身免疫、造血干细胞缺乏以及遗传因素有关；获得性再生障碍性贫血病因较为复杂，主要分为物理因素、化学因素、病毒因素。
其中物理因素也就是指X线及各种放射性核素等有害射线的辐射导致患病；化学因素包括一些药物，例如磺胺类药物、氯霉素类、抗甲状腺药物、抗癌药、抗癫痫药、杀虫剂等，以及苯跟一些苯的衍生物，例如油漆、塑料等；病毒因素主要包括风疹病毒、流感病毒、丙型肝炎病毒等。
还有部分原发性再生障碍性贫血现在依然病因不明。
