鼻腔镜检查总体来讲刺激性较小，并不会给患者带来痛苦。
通常在检查前，医生会往患者鼻腔里喷血管收缩剂以及麻药，来减少对鼻腔不适的感觉程度。有些患者对疼痛刺激敏感性比较高，在检查过程中可感觉到稍微的不适感，但可以耐受，不需要太过担心。
通常在做鼻腔镜检查时，医生会尽量不触碰患者的黏膜以及鼻腔壁。部分患者因鼻腔比较狭窄或者鼻甲比较肥大，使用鼻内镜时会出现通过困难，也可造成患者明显的不适感，需要放松心态，避免过于紧张，来保证检查顺利进行。
