脊髓空洞症有不同的病因，首先最常见的是与先天性的发育异常有关系，颅颈交界处如果存在小脑扁桃体下疝畸形、颅底凹陷、颅底扁平等，容易压迫到脊髓中央管，导致脑脊液聚积，从而形成脊髓空洞症。
另外脊髓损伤也可以诱发脊髓空洞症，脊髓损伤后可以导致脊髓解剖学和分子学方面出现变化，影响脑脊液的正常循环，容易在损伤部位以上出现脊髓空洞。
椎管或者脊髓内的肿瘤、囊肿，会因为细胞的分解以及分泌增多而干扰脑脊液循环，从而诱发脊髓空洞。椎管内的炎症感染，比如细菌、结核、真菌等也是诱发脊髓空洞症的原因之一。
