小儿先天消化道畸形通常是新生儿出生后产生症状而被发现。
小儿先天消化道畸形虽然是一类先天性疾病，但很少有孕妇会在孕晚期做核磁共振排查胎儿消化道畸形，因此绝大部分患者都是在出生后，因为出现吐奶、呼吸困难、不排胎便等原因被发现。小儿先天消化道畸形可以发生在消化道任意位置，因此症状较多，也比较复杂，很容易在发病初期造成误诊。
手术是治疗小儿先天性消化道畸形最有效的办法，随着医学技术发展，现在有很多患者都会选用微创技术进行治疗，也有很好的效果。
