克罗恩病的核心症状是腹痛、腹泻和体重减轻。
腹痛多位于右下腹或者是脐周，疼痛为阵发性、痉挛性疼痛，多于进餐后疼痛加重，主要是由于进食食物后，胃肠道内容物通过病变的组织或者狭窄的肠腔引起的疼痛。在发病初期，腹泻为间歇性发作，随着病情的发展会出现持续性腹泻，如果累及到肛门直肠，会出现黏液脓血便和里急后重感。少数患者会出现明显的腹部包块，多位于右下腹和脐周。个别患者会在肠管之间形成瘘管，导致腹泻加重和营养不良、发热，少数患者还会出现毒血症的表现。
