小儿心肌炎大部分可以痊愈，不遗留后遗症。极少部分患儿病情严重，迁延不愈，甚至进展为小儿心肌病，预后差。
小儿心肌炎主要是由病毒感染导致，经积极抗病毒及营养心肌治疗，受损的心肌在2-4周可以痊愈。比如常见心肌酶增高，肌钙蛋白增高及心电图ST-T波改变，可以恢复正常。
如果是严重的心肌炎，如暴发性心肌炎。则病情进展快，患者可能出现恶性心律失常、心脏扩大、心源性休克，会有生命危险。除了药物治疗，可能需要射频消融手术及起搏器安装，必要时进行ECMO人工心肺机辅助，有助于控制病情进展。尽快恢复心肌。
